ФТЛ «Флагман» осуществляет образовательный процесс как общеобразовательное заведение с ранней профилизацией в области физики и математики в соответствии с уровнями общеобразовательных программ двух ступеней:
- II ступень – основное общее образование (5-9 классы);
- III ступень – среднее (полное) общее образование (10-11 классы).
В основной школе реализуются программы основного общего образования с углубленным изучением предметов (математика, физика, английский язык). С 2016-2017 учебного года в старшей школе проводится обучение по физико-техническому профилю, подготовка к которому осуществляется с 6 класса (ранняя профилизация).
Задачи по решению проблемы профилизации школы:
- увеличение доли обучающихся, участвующих в создании индивидуальных и командных проектов по общеобразовательным предметам;
- организация для учащихся лицея проведение летних школ по математике, физике, информатике, биологии, химии, лингвистических школ;
- организация дебатного движения (дебатные клубы на русском, казахском, английском языках).
Комплекс умений (компетентностей), на развитие которых направлен педагогический процесс в лицее:
- умение самостоятельно решать учебные проблемы, генерировать новые способы решения задач и ситуаций;
- умение ориентироваться в различных базах данных и получать из них необходимую информацию;
- умение занимать самостоятельную позицию в дискуссиях и вырабатывать свое собственное мнение;
- умение работать в группе, улаживая разногласия и конфликты;
- умение использовать новые информационные технологии и средства коммуникации.